任何事情都是有兩面的，正如硬幣的正反面，同樣軟件定制也是一把鋒利的雙刃劍，無論對用戶和廠商來說都是各有利弊。
軟件定制開發，不能用簡單的“好”與“不好”來衡量。從用戶的角度來分析，軟件定制的根本原因在于：每個公司的操作流程不統一，很難找到一種適合各個企業的軟件。
定制似乎已成定局，用戶都接受了這種現在非常流行的定制化開發方法。兩種定制目前比較流行的軟件定制，可以分為“原型改造”和“積木式零件選擇”兩種。
原型改造，是根據用戶的需求來改變自身軟件產品的原型;優勢是能夠非常嚴密地實現用戶的需求，就好像把水倒進形狀不規則的容器。
積木式零件選擇，指的是首先搭建平臺，平臺上制造各種各樣的模塊，然后根據用戶想要搭建的最終效果的不同而選擇不同的“積木”，類似樂高積木板塊，用不同組件搭建想要的模型，例如星城軟件的頓表，優勢則是簡單易行，靈活快速，雙方都能夠節省時間和精力。
不過無論采用哪種定制，都是利弊兼有。
“原型改造”式的定制會造成破壞系統原有結構的后果，存在的主要問題是設計和實施的周期比較長，往往需要開發人員和實施人員長期合作，花費大量的人力和物力才能完成。因為改變了原有軟件產品的完整結構，新的內容加上去之后難以避免兼容性的破壞。
正是因為原型改造的難度較大，積木式零件選擇成為定制開發的趨勢。無論是對廠商還是對用戶，這種方式省錢省力更省心。但國內許多企業由于管理方式的長期不規范，形成了許多不規范的生產流程，加上個別較小的軟件開發商并不熟悉企業生產模式，并不能完全按照企業要求的特殊方式處理某些特殊的環節，所以企業選擇ERP軟件定制廠商時要擦亮眼睛，將自己的業務流程特殊之處標入，確保能夠得到實施。一家有實力的軟件開發商，是經過長期的經驗積累，擁有專業的開發團隊的，深入了解個行業的管理模式，并且隨時歡迎企業實地考察。
無論廠商和用戶選擇哪種軟件定制方式，必須注意在定制開發的過程中，保證每個部分都能夠提供良好的接口，以便維持與現有的軟件模塊和即將開發的軟件模塊實現完美的結合，同時，還要在可穩定性、擴展性、重用性、移植性等方面有非常好的性能。
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